המאפיין העיקרי של ההתנחלויות בצפון הגדה, שהוקמו בין הכפרים הפלסטינים העתיקים באזור, הוא היעדר צביון דתי-משיחי, ולפיכך הטרור היהודי בהכללה אינו מרים את ראשו באזור זה. עם זאת משטר ההיתרים המסובך החל על כל השטחים הכבושים, פוגע כמובן גם בתושבי הצפון: מקשה עליהם לעבור ממקום למקום, אל כרמי הזיתים שלהם, למרחב התפר או למקומות עבודה סמוכים בישראל, ובכך מכה לא רק בפרנסתם אלא בכל תחומי חייהם.
באזור הצפון יש שני מחסומים גדולים – ברטעה-ריחן וג'למה-גלבוע. שניהם משמשים למעבר סחורות בשיטת גב-אל-גב ובהיקף מסחרי מהגדה למרחב התפר (ברטעה-ריחן), למעבר הולכי רגל בעיקר לעבודה בישראל, או ממרחב התפר וישראל (למשל לאזרחי ישראל הערבים) אל הגדה. המחסומים מתפקדים לכאורה כמו מעברי גבול וכוללים אשנבי בדיקות לניירת, אמצעים אלקטרוניים לזיהוי אנשים ומסועים להעברת כבודת יד, תחת פיקוח מאבטחים אזרחיים.
בשני המחסומים החקלאיים ('שערים' בשפה הצבאית), טייבה-רומנה ועאנין, עוברים בעיקר חקלאים פלסטינים שגדר ההפרדה הרחיקה אותם מהכרמים ומאדמותיהם, וכבכל המחסומים החקלאיים של מרחב התפר
הם מורשים לעבור אליהם רק בהתאם להנחיות הצבא.
כבר בשנת 2016 דיווחנו על פרצות שנפערו בגדר המערכת סמוך למחסומי הצפון או במרחק מה מהם. למעשה, פרצות היו תמיד אך הן התרבו מאוד לאורך הגדר מצפון הגדה (ג'למה) ועד דרומה (דרום הר חברון), ואלפי פלסטינים העדיפו לעבור בהן יום יום בעיקר לצורך עבודה בישראל, מאז ועד שנת 2022 לפחות. המעבר החופשי דרכן העמיד בסימן שאלה גדול את נחיצות המחסומים לביטחון מדינת ישראל. באביב 2022 בעקבות פיגועי טרור בתוך ישראל נסגרו הפרצות. קראו מה קורה שם עכשיו...

מחסום יעבד-דותן בצומת יעבד-ג'נין (כביש 858). לרוב, המחסום אינו מאויש בחיילים וקוביות בטון גדולות מאלצות את הנהגים להאט ולזגזג ביניהן בזהירות. על גבעה סמוכה למחסום יושבת התנחלות מבוא דותן.
מחסום חרמש, שאינו מאויש, נמצא ממול להתנחלות חרמש עצמה.
מחסום באקה (כביש 574) הממוקם בחומת ההפרדה הצמודה לעיר באקה המערבית.
מחסום טורה-שקד המוגדר כמחסום 'מרקם חיים', שהוקם על נתיב המקשר בין הגדה למרחב התפר, ולמרות הגדרתו המבטיחה התחשבות הומניטרית, הוא נועד לסגירה מהירה של התנועה בין מזרח הגדה למערבהּ, בהתאם לצרכים ביטחוניים. עוברים בו בעיקר תלמידים, סטודנטים, פלסטינים העובדים בג'נין וכן תושבי הכפר טורה בדרכם לעבודה באזור התעשייה שח"ק הסמוך.

